Таможенное регулирование заключается в установлении порядка и правил, при соблюдении которых лица реализуют право на перемещение товаров и транспортных средств через таможенную границу Республики Таджикистан.

Общее руководство таможенным делом осуществляет Правительство Республики Таджикистан в соответствии с законодательством Республики Таджикистан.

Уполномоченный орган по вопросам таможенного дела обеспечивает непосредственную реализацию в таможенных целях задач в области таможенного дела и единообразие применения таможенного законодательства Республики Таджикистан всеми таможенными органами на территории Республики Таджикистан.

В соответствии с требованиями Таможенного кодекса Республики Таджикистан Ст.347, п. 1 к таможенным сборам относятся:
- таможенный сбор за таможенное оформление;
- таможенный сбор за таможенное сопровождение;
- таможенный сбор за хранение товаров на складах таможенного органа;
- таможенный сбор за выдачу квалификационного аттестата специалиста по таможенному оформлению.

Определение таможенной стоимости товаров ввозимых на таможенную территорию Республики Таджикистан, производится путем применения следующих методов:
по цене сделки с ввозимыми товарами;
по цене сделки с идентичными товарами;
по цене сделки с однородными товарами;
вычитания стоимости;
сложения стоимости;
резервного метода.

По импортируемым товарам в Республику Таджикистан ставки таможенных пошлин установлены Постановлением Правительства Республики Таджикистан "О таможенном тарифе Республики Таджикистан" от 25 октября 2003 года № 450 и варьируются в зависимости от вида товара по ставкам 0%, 2,5%, 5%, 7%, 10%, 15%.

В соответствии с пунктом 2 постановления Правительства Республики Таджикистан "О таможенном тарифе Республики Таджикистан" от 25 октября 2003 года № 450,. установлен режим свободной торговли и применяется нулевая ставка ввозной таможенной пошлины при импорте товаров, происходящих из государств-членов Евразийского экономического сообщества (Российская Федерация, Республика Казахстан, Республика Белоруссия, Кыргызская Республика и Республика Таджикистан).

Также на товары, ввозимые в Республику Таджикистан из наименее развитых стран, Перечень которых установлен Постановлением Правительства Республики Таджикистан "О таможенном тарифе Республики Таджикистан" от 25 октября 2003 года № 450, применяется нулевая ставка таможенных пошлин.

В соответствии со ст. 345 пп. 3, 6 Таможенного Кодекса отдельные виды товаров освобождены от уплаты таможенных пошлин. Таможенные пошлины не взыскиваются при ввозе:
- товаров в качестве гуманитарной помощи, а также товаров, безвозмездно передаваемых государственным органам Республики Таджикистан;
- товаров, предназначенных для реализации целевых проектов, одобренных Правительством Республики Таджикистан, за счет (пределах) средств грантов и (или) кредитов (займов), предоставленных юридическими или физическими лицами, иностранными государствами, правительствами иностранных государств или международными организациями.